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En un sector de “mostazales” un grupo de hermanos franciscanos estableció un convento. Los habitantes pronto asociaron la localidad con su patrono, el Santo de Asís, y con el paso del tiempo surgió el nombre de San Francisco de Mostazal, dando paso a la creación de la comuna, en 1894.
Corría 1856, cuando D. Pedro José Luco, como fruto de una misión, determinó apoyar la fundación de este convento en los terrenos de su hacienda. El amplio edificio que se construyó contaba con 19 celdas, tres claustros y templo de una nave. Hasta 1906, cuando el terremoto destruyó la iglesia y su torre, existió un templo “de una sola nave, pero bastante grande”, con torre. Una imagen de bulto –es decir de cuerpo completo o de candelero- de la Inmaculada presidía el altar mayor. Tenía tres altares más, dedicados al Calvario, a Nuestra Señora del Carmen y a Santa Filomena. El 28 de diciembre de 1930 se bendijo la primera piedra del templo que hoy existe y pasaron 14 años, hasta que en 1944 se dio por terminada la obra.
La parcela adyacente al primer convento se transformó en modelo de aprovechamiento de la tierra: árboles para madera y frutales, viñas, elaboración de vinos, fabricación de tejas y ladrillos, cercos, riego, etc.
Por el inventario de 1885, podemos conocer las difundidas devociones al Santísimo Sacramento, al Niño Dios, a la Santísima Virgen, a San Francisco, San Antonio, San José. El Mes de María era celebrado con solemnidad, al igual que la Semana Santa. Sin ser parroquia, prestaba los mismos servicios que en ellas y por este motivo en diciembre de 1933 el obispo de la nueva diócesis de Rancagua se proponía erigir allí una parroquia. No fue hasta 1965 que se erige la parroquia San Francisco de Asís .
Desde 1923 y por un largo período, estuvo a cargo de la Provincia Franciscana la que instaló allí su Colegio Seráfico o Seminario Menor, dedicado prioritariamente a la formación de los futuros franciscanos.
Algunas muestras de la preocupación de los frailes por la educación popular: según el inventario de 1885 se reserva en el edificio una sala dedicada a colegio; en la década del 2O, el P. Weiss abre una escuela gratuita para los niños del pueblo; en 1960, fray Hernán Álvarez abre la Escuela Técnica Femenina «Santa Clara»; en la década del 50 se admitieron en forma experimental algunos niños del pueblo para que allí aprendieran junto con los seminaristas sus primeras letras.
Con el tiempo va diluyéndose la característica de seminario y el colegio empieza a ser aprovechado por familias que sólo buscaban un internado para sus hijos, ya que, al mismo tiempo, desaparecían los internados tradicionales de casi todos los colegios del país; y esto, tarde o temprano, lleva a la Provincia a asumir la realidad de que el Colegio Seráfico no albergaba vocaciones y que, llegado el fin de año, no había candidatos para pasar al noviciado. Así llegó su cierre.