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La construcción de los primeros cuerpos del Hospital San Juan de Dios, levantados gracias a la generosidad de varios benefactores, data de 1848-50.
En 1872, llegaron a San Fernando ocho hermanas de la Congregación de las Hijas de la Caridad, para organizar el hospital y atender a los enfermos. En 1878, Sor Julia asumió la dirección del hospital y gracias a su iniciativa se amplió el establecimiento.
En 1884, con fondos donados por doña Mercedes Gómez, viuda de Valenzuela, se inició la construcción de la actual capilla. Esta etapa, que sólo alcanzó a levantar los muros, se prolongó hasta 1989. Una ayuda sor Julia recibió del Gobierno para la terminación de la capilla, permitió dar cima a esta construcción en el año 1899. En enero de 1900, se instaló el altar gótico, tallado en madera de encina.
La capilla, emplazada de oriente a poniente, tiene acceso directo desde la calle. Y hacia el sur cierra el patio principal. Precede el sector del establecimiento hospitalario un conjunto tradicional de patios rodeados por corredores abiertos en ambos lados que, con el huerto, ocupan poco más de dos manzanas.
El interior de esta capilla de una sola nave neogótica no alcanza a expresar plenamente el ímpetu ascensorial que caracteriza al gótico. Las columnas adosadas, agrupadas en pequeños grupos de tres fustes, guardan relación con la modulación exterior del muro.
No se conoce el nombre del arquitecto de esta capilla. El incendio que en 1935 quemó las oficinas del hospital, destruyó toda la documentación relacionada con su construcción. Se atribuye esta obra a don Teodoro Buchard, secundado por el constructor Rudocindo Ortiz.
El conjunto hospitalario y su capilla están ubicados al norponiente de la ciudad, rodeado de un barrio residencial antiguo, de casas de un piso, acompañadas de pequeños huertos. Por su altura, su estilo y la calidad de su construcción, esta capilla constituye el hito más importante de ese sector urbano. Se encuentra a poca distancia de la casa patronal de Nircunlauta, declarada Monumento Histórico.
Las hermanas de la Caridad eran las encargadas de cuidar la capilla y actualmente administran un comedor abierto ubicado justo frente a la misma capilla.
Después del terremoto de 1985 la capilla se cerró por los graves daños que sufrió su estructura. Hace unos años comenzó su restauración, quedando terminada en el año 2005. Actualmente falta la implementación de mobiliario para poder ser usada.